Різноманіття видів бактерій, що мешкають у здоровому організмі, знаходиться у відносній рівновазі - одні розмножуються, інші гинуть. Але в певних умовах ця рівновага порушується, що призводить до виникнення дисбактеріозу. Зазвичай, при появі патогенних мікроорганізмів імунна система включає захисну функцію і працює на їх знищення. У цьому процесі беруть участь і корисні бактерії. Але при хворобах, що сильно послаблюють імунітет людини (онкологічні захворювання, СНІД) шкідливі мікроби вільно розмножуються, що призводить до важких форм. Іншою причиною дисбактеріозу є тривалий прийом сильнодіючих антибіотиків, які буквально вбивають всю мікрофлору кишечника, в тому числі і здорову. Але навіть вони іноді не здатні вбити деякі патогенні мікроби. І тоді останні починають безперешкодно розмножуватися. Шлунково-кишковий тракт атакується ними настільки, що потрапляють здорові мікроби не здатні з ними впоратися і гинуть. Третя причина - відсутність ферментів, які беруть участь у перетравленні деяких продуктів. Наприклад, при лактозній недостатності в кишківнику не перетравлюється цукор, що знаходиться в молоці. Діяльність мікробів сприяє його бродінню, порушується кислотний баланс, при якому нормальні бактерії не можуть існувати. У результаті з'являється дисбактеріоз. При постановці діагнозу потрібно знати, що могло стати причиною дисбактеріозу. Тому що лікування дисбактеріозу і є усунення причин, які могли призвести до його розвитку.